Sulle onde calme dell'Oceano Indiano, la piccola isola artificiale di "Little Happy", al largo delle coste del Mozambico, si sta lentamente inabissando, simbolo struggente dell'impatto devastante del riscaldamento globale. Questo angolo sperduto, rifugio degli ultimi resti di un villaggio di pescatori un tempo fiorente, diventa il teatro dell'ultima crociata della determinata biologa marina, la dottoressa Emma Collins. Emma e il suo team devotato sono immersi in uno studio cruciale: il cambiamento climatico e il suo effetto sui rituali di accoppiamento degli squali bianchi.
I giorni sereni di ricerca sono destinati a un brusco risveglio con l'arrivo inaspettato di Richard Lowell, ex fiamma di Emma e biologo marino ambizioso. A bordo della sua nave da ricerca, Richard porta con sé non solo ricordi del passato, ma anche un progetto secondario che cambierà il corso della loro pacifica esistenza. La sua missione: rintracciare tre squali toro geneticamente modificati, creature formidabili, velocissime e letali, già addestrate al sapore del sangue umano.
L'eco del massacro avvenuto nel Complesso Akhelios di "Blu profondo 2" (2018) aleggia minaccioso sui protagonisti mentre Little Happy si trasforma in un'arena di sopravvivenza, un nuovo capitolo di terrore pronto a svolgersi sotto l'ingannevole vessillo della ricerca scientifica.
Riusciranno gli umani a imparare a rispettare l'incontenibile grandezza della natura, o la loro incrollabile ricerca della conoscenza precipiterà ancora una volta verso un'altra strage acquatica? Nell'escalation di una crisi incombente, il team ridotto deve affrontare le insidiose acque dell'ambizione scientifica, dei legami passati e della paura atavica. Alla fine, si tratta non solo di sopravvivere, ma anche di comprendere gli effetti delle loro azioni sull'equilibrio delicato della vita marina. "Blu profondo 3" invita gli spettatori in un abisso di suspense e azione, dove l'istinto di sopravvivenza dell'uomo si scontra con i predatori più temibili del mare.