In un viaggio surreale che si dipana attraverso un deserto enigmatico, El Topo, autoproclamatosi divinità avvolta nelle vesti nere di un pistolero, inizia una missione formidabile assieme al suo giovane figlio. A soli sei anni, il bambino è costretto ad abbandonare gli innocenti simboli della sua infanzia per affrontare la spietata realtà dell'età adulta. Insieme, padre e figlio percorrono un paesaggio mistico, dove reliquie del selvaggio West si mescolano a icone religiose orientali, riflettendo la complessa natura di El Topo - parte fuorilegge, parte guida spirituale.
Il loro cammino è segnato dal sangue di un villaggio, annientato da banditi spietati. Animato da una ricerca di giustizia, El Topo vendica i caduti e, in una dimostrazione di supremazia, fa sua Mara, la donna del capo dei banditi. Ma il suo peregrinare non è solo fisico: è un viaggio introspectivo, un esame cruento e sensuale dei propri demoni interiori, man mano che si trova a confrontarsi con i guerrieri che incrocia sulla sua strada.
L'odissea di El Topo si sviluppa come un affresco trasformativo di sangue e sabbia, dove l'eccentricità della spiritualità orientale s'incontra con la spietata illegalità del Far West. È una storia che sfuma i confini tra cacciatore e preda, tra sacro e dannato, tra uomo e mito, invitando lo spettatore in un viaggio provocatorio e misterioso, tanto all'esterno quanto all'interno dell'anima umana.