Tetsuro Hoshino, orfano dei Cyborg, vive in una baraccopoli all'ombra della loro megalopoli. Ruba un pass per il Galaxy Express 999 e viene salvato da una misteriosa donna chiamata Maitre, immagine vivente di sua madre, uccisa dai Cyborg. Indossando un ciondolo speciale, parte per Andromeda, dove potrà ottenere la vita eterna e vendicare la morte dei suoi genitori. Durante la sua odissea, incontra una serie di personaggi fantastici che lo aiutano a sterminare la malvagia Stella di Andromeda, che ha donato corpi meccanici a ricchi esseri umani.