Nella penombra delle metropoli si muove un'ombra letale: Raizo, un guerriero addestrato sin dall'infanzia per diventare l'arma perfetta di un clan segreto di ninja, gli Ozunu. Ma la disciplina spietata e il controllo ferreo del clan non hanno soffocato il suo spirito ribelle. Consumato da un passato doloroso e da una sete di vendetta che arde come un fuoco inestinguibile, Raizo si rivolta contro i suoi stessi maestri. Nel suo percorso solitario incrocia il destino di Mika Coretti, una giovane ricercatrice di Europol che, scavando troppo a fondo, ha scoperto l'esistenza dell'oscuro reticolo di assassini dietro a molteplici omicidi politici.
Mika, dopo aver sfiorato la morte per mano dei ninja che ora la braccano, trova in Raizo un improbabile protettore, la cui maestria nelle arti marziali è solo eguagliata dalla determinazione a distruggere il clan che lo ha creato. Insieme si trovano a fronteggiare una caccia spietata, mentre il passato di Raizo torna a perseguitarlo nella figura del suo acerrimo rivale di infanzia, altrettanto addestrato a uccidere senza pietà.
Mentre le lealtà si infrangono e i segreti del clan affiorano nell'ombra, Raizo e Mika devono decidere fino a che punto spingersi per sopravvivere. Con ogni movimento osservato e ogni respiro controllato, una battaglia senza esclusione di colpi si avvicina, dove la lama più affilata potrebbe non essere sufficiente per garantirsi la vittoria. "Ninja Assassin" è un viaggio mozzafiato nel cuore di un mondo dove l'onore è macchiato di sangue e la redenzione si conquista a caro prezzo.