Nel cuore di un uragano devastante, il maestoso uovo della leggendaria creatura Mothra viene strappato dal suo ambiente protetto sull'Isola Infantile e trascinato nel vasto oceano. Il destino vuole che l'uovo approdi sulle coste del Giappone, dove attira l'avidità dell'astuto Banzo Torahata, che, intravedendo un'opportunità d'oro, espone l'uovo al pubblico ignorando gli avvertimenti delle mistiche gemelle sacerdotesse di Mothra, che lo implorano di restituire l'uovo al suo posto d'origine.
La cupidigia di Torahata non conosce limiti, fino al punto di tentare il rapimento delle enigmatiche fate, le quali si rivolgono ai reporter Ichiro Sakai e Junko Nakanishi in cerca di aiuto. Nonostante i loro appelli appassionati, Torahata rimane irremovibile, rifiutando di restituire l'uovo e innescando una serie di eventi catastrofici.
In un altro luogo, un avido costruttore perturba il sonno sottomarino del re dei mostri, Godzilla, con gigantesche macchine finalizzate a prosciugare una sezione dell'oceano per i suoi lussuosi condomini. Risvegliato e furioso, Godzilla inizia un'incontenibile devastazione attraverso Tokyo, lasciandosi dietro solo macerie.
Con l'ira di Godzilla scatenata e il rifiuto di Torahata di rendere l'uovo, l'unica speranza del Giappone si affida alle possenti ali di Mothra adulta. La titanica farfalla deve non solo proteggere la sua progenie non ancora schiusa, ma anche affrontare l'arduo compito di salvare il Giappone dalla duplice minaccia dell'avidità umana e della furia mostruosa. Mentre la nazione si prepara all'impatto, si svolge una battaglia mozzafiato su proporzioni epiche: vecchie e nuove generazioni di titani si scontrano in una lotta disperata per la sopravvivenza. Chi emergerà vincitore in questo confronto titanico tra il protettore alato e la furia distruttiva?