Craig Schwartz è un burattinaio dal talento indiscusso ma dalla carriera in stallo, la cui vita prende una svolta assurda quando si imbatte in un lavoro d'ufficio nel bizzarro LesterCorp, nascosto al piano 7½ di un grattacielo di Manhattan. Ma il vero teatro si apre dietro una misteriosa porta: un portale diretto nella mente dell'attore John Malkovich, una traversata mentale di appena quindici minuti che finisce in modo altrettanto bizzarro sul bordo di un'autostrada del New Jersey.
Mentre la sua passione per i burattini trova uno strano ma fascinoso parallelo in questa scoperta, la vita di Craig si complica ulteriormente. La moglie Lotte, amante degli animali e commessa in un negozio di animali, viene trascinata in una profonda riflessione sulla propria identità dopo i viaggi attraverso il portale. Maxine Lund, collega sicura di sé e oggetto del desiderio di Craig, intravede nelle visite nella mente di Malkovich una miniera d'oro pronta per essere sfruttata.
Tra passioni incrociate e questioni etiche, Craig, Lotine e Maxine si trovano coinvolti in un gioco di potere sulla psiche umana, dove la capacità di controllare la mente di Malkovich apre le porte a un esistenzialismo inquietante. Cosa si cela dietro l'essenza del sé? E quale sarà il destino di Malkovich che, ignaro, si sente manipolato da forze incomprensibili? "Essere John Malkovich" è un viaggio surreale e metafisico che esplora i confini dell'io, tra realtà e finzione, desiderio e ossessione, con un umorismo tanto nero quanto irresistibile.