Nelle profondità di un antico torpore, risvegliato dopo millenni di sonno, sorge il primo e più potente mutante mai conosciuto: Apocalisse. Venerato come una divinità fin dall'alba della civiltà, ha accumulato poteri al punto da divenire immortale e invincibile. La sua ascesa in una modernità che non riconosce e disprezza lo spinge a reclutare un manipolo di mutanti altrettanto potenti, tra cui un Magneto sfiduciato, per attuare il suo piano di purificazione globale e l'instaurazione di un nuovo ordine mondiale sotto il suo dominio.
Mentre il destino dell'intero pianeta pende da un filo, Raven, conosciuta come Mystica, si unisce al Professor Charles Xavier, maestro e mentore di mutanti dalla morale incrollabile, per guidare un'audace squadra di giovani X-Men in una lotta disperata. Saranno loro, eroi in erba ancora alle prese con i propri poteri emergenti, a dover fronteggiare il loro avversario più temibile e cercare di salvare l'umanità dal baratro dell'annientamento.
La battaglia per il futuro si fa incandescente, in un confronto epico che metterà alla prova il vero significato di essere un X-Men. Riuscirà il bene a sopraffare l'antico male risvegliatosi per reclamare il suo dominio sulla Terra? Il futuro è incerto, e il destino di ogni vivente è adesso nelle mani di pochi coraggiosi.