In tutto il mondo si verificano diversi strani eventi, tra cui la scomparsa di due ingegneri. Inoltre, l'ex ammiraglio Kosumi sta per essere rapito insieme alla sua segretaria e figlioccia Makoto Jinguji. Il tentativo di rapimento viene sventato dal fotografo Susumu Hatanaka e dal suo assistente Yoshito Nishibe. In seguito si scopre che l'Impero Mu, scomparso 12.000 anni prima, è responsabile di tutti gli avvenimenti e sta progettando di invadere il mondo di superficie per reclamare le sue presunte colonie. Inoltre, i Muan riescono a rubare il sottomarino I-403 all'amareggiato capitano Jinguji, padre di Makoto, e nel frattempo rubano i piani per un sottomarino ancora più grande, Atragon (alias Gotengo). Con l'aumentare degli attacchi dei Muan, il mondo chiede con ansia a Jinguji il suo aiuto, persino sua figlia Makoto gli rivolge un'appassionata richiesta di unirsi alla lotta contro i Mu. Purtroppo Jinguji è ancora amareggiato per la sconfitta del Giappone nella Seconda Guerra Mondiale e non vuole aiutarlo. Tuttavia, la lotta diventa personale quando Makoto e Susumu, di cui si è innamorata, vengono catturati dai Mu. Ben presto Jinguji sfodera la sua arma definitiva contro i Muan e il loro gigantesco guardiano serpentiforme Manda.