Durante una festa del Ringraziamento che doveva essere un momento di gioiosa unione, due piccole ragazze, Anna Dover e Joy Birch, scompaiono senza lasciare traccia. Il panico si diffonde rapidamente tra le due famiglie quando la polizia, arrivata prontamente sul luogo, non riesce a fornire risposte immediate. Keller Dover, il tormentato capofamiglia, si trova di fronte all'incubo peggiore per un genitore: la misteriosa sparizione di sua figlia.
Con il calare del sole e il crescere della disperazione, un furgone fatiscente diventa l'unico indizio concreto. Il detective Loki, incaricato di guidare le indagini, arresta Alex Jones, l'enigmatico conducente del veicolo, ma la mancanza di prove concrete lo costringe a rilasciarlo. Mentre la polizia segue piste che si biforcano in labirinti di ipotesi, Keller sente il peso del tempo che scorre inesorabile. Convinto che la vita di sua figlia penda da un filo, si trova di fronte a una scelta drastica: aspettare fiducioso le mosse delle autorità o prendere in mano la situazione e seguire il proprio istinto paterno.
La discesa nei meandri dell'anima umana e della giustizia inizia per Keller, che si domanda fino a che punto può spingersi per salvare chi ama. "Prisoners" è un thriller serrato e intenso che esplora i confini tra legalità e vendetta, dolore e redenzione, lasciando lo spettatore in bilico tra l'empatia per un padre disperato e il terrore per l'oscuro percorso che sta per intraprendere.